脑网络组研究中心目前拥有超过1000平方米的办公区，以及专门的多模态脑成像实验室和分子生物学实验室，另有超过200平方米的光电同步脑活动仪器设备研发工作室。目前研究中心的仪器设备超过价值1186万元人民币。具体科研配套设施如下：
1. 多模态脑影像和干预平台：该平台包括64导近红外成像仪，256导EEG成像仪、经颅磁刺激仪。该平台可以用于认知活动、神经精神疾病中脑功能活动等方面的研究。也可与其他功能成像设备结合，进行多模态脑功能活动的检测。
2. 基因平台：脑网络组中心分子生物学实验平台是中国科学院自动化研究所模式识别国家重点实验室和脑网络组中心最新建成的实验平台之一，该平台配备有ABI 3730测序仪、ABI StepOne实时荧光定量PCR仪、台式高速离心机、超净工作台等多台设备，可完成DNA提取、SNP和CNV等各种遗传标记的检测，到目标片段分析和基因测序等的等多层次遗传分析实验。同时该平台配备三洋 U73V超低温冰箱，已储存了脑网络组中心从全国收集的2500多例来自精神分裂症患者、抑郁症患者和正常对照的血液及DNA标本。
3. 脑网络组超级计算平台：本计算平台包含Dell XD 3400服务器32台，每台服务器有8个3.0G CPU 处理器，128G内存，可以支持大型数据的并行计算，并可以为国内其他单位提供计算服务。
4. 多模态数据管理平台：本系统是利用基于文本的图像数据描述信息，对图像数据仓库进行高效管理（包括图像数据索引文件的生成、上传、关键词检索及图像数据的下载）。